FASTQ

Формат FASTQ - это текстовый формат данных, используемый для представления биологической последовательности (обычно нуклеотидной последовательности) и показателей качества каждого элемента последовательности. И элемент последовательности, и показатель качества кодируются для краткости одним символом ASCII .

Первоначально он был разработан в Wellcome Trust Sanger Institute для объединения отформатированной последовательности FASTA и данных о качестве элементов, но недавно стал стандартом де-факто для хранения результатов высокоэффективаных инструментов секвенирования, таких как анализаторы генома Illumina .

Формат FASTQ не стандартизирован и различные аппаратно-программные системы обработки информации, использующие его для входных/выходных данных могут иметь различия (например разные системы кодирования показателя качества элементов последовательности).

Формат

Документ FASTQ обычно использует четыре строки на каждую последовательность.

• Строка 1 начинается с символа «@», за ней следует идентификатор последовательности и необязательное описание (например, строка заголовка FASTA).
• Строка 2 - это необработанные символы последовательности.
• Строка 3 начинается с символа «+» и является необязательной, после чего снова следует тот же идентификатор последовательности (и любое описание).
• Строка 4 кодирует значения качества для последовательности в строке 2 и должна содержать то же количество символов, что и строка последовательности.

@SEQ_ID
GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT
+
!''*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*''))**55CCF>>>>>>CCCCCCC65