Un auto-anticorps est un anticorps produit par le système immunitaire et dirigé contre une ou plusieurs protéines de l'individu lui-même. De nombreuses maladies auto-immunes sont dues à la présence de ces auto-anticorps, mais la présence d'auto-anticorps n'est pas nécessairement synonyme d'une telle maladie. En 2003, on recensait plus de deux cents spécimens antigéniques différents.