C8orf58
| C8orf58 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | C8orf58 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | MGI: 2145726 HomoloGene: 19540 GeneCards: C8orf58 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 8: 22.6 – 22.6 Mb | Chr 14: 70.39 – 70.4 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Otvoreni okvir čitanja 58 hromosoma 8 je neokarakterizirani protein koji je kod ljudi kodiran genom C8orf58.[5] Predviđeno je da se ovaj protein nalazi u ćelijskom jedru.
Aminokiselinska sekvenca
[uredi | uredi izvor]Dužina polipeptidnog lanca je 365 aminokiselina, а molekulska težina 39.661 Da.[6]
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MMGRRRAFAV | DGRDGAGEGL | ARGCIVPGVT | STYRRIPDAA | HGCSSWERGD | ||||
| KFRGVGREAL | FLKLASRDSG | VEMAVGDSPL | AALPGLSQDS | LDFESSGSSE | ||||
| PPAQVGRLLA | SQKLGEVLER | SRRLPTAPTS | LSGQHRSLRL | ASKPEREVPL | ||||
| GAGQQESMEA | DTDLEAGLEE | EAVGGLGPGA | WACLPGQGLR | YLEHLCLVLE | ||||
| QMARLQQLYL | QLRIQRPPGD | PGEEESTRAP | LPSPLHTPGN | RGQGPWELLS | ||||
| QTEHTGAKAA | SPPKVEVPSA | NPPRLPETPV | EPTYHLPSSQ | GHKRDISHWD | ||||
| KVKVLLNRIC | RRSHHHPEPP | APPDGSDPRI | ESRDLPERPQ | CRPHRKTFMP | ||||
| SLVVKKQRAK | NLSVG |
Gen
[uredi | uredi izvor]Gen "C8orf58" se nalazi na hromosomu 8, na poziciji 8p21.3. Opsega ukupno 4.550 baznih parova ima sedam egzona. C8orf58 okružen je genima PDLIM2 i CCAR2.[7] Nema alijasa. Definiran je kao gen koji kodira protein.[8]
iRNK
[uredi | uredi izvor]C8orf58 proizvodi tri varijante prerađenog transkripta. Varijanta transkripta 1 predstavlja najduži transkript i kodira najveći protein. Dug je 2.062 bazna para i sadrži sedam egzona. Postoje još dvije varijante transkripta, koje proizvode alternativna mjesta prerade.[9]
| Izoforma | Egzoni | Dužina (bp) | Svojstva |
|---|---|---|---|
| Varijanta 1 | 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 | 2.062 | Jedan uzvodni okvirni stop kodon |
| Varijanta 2 | 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 | 2.038 | Alternativno okvirno mjesto prerade u kodirajućoj regiji 3' |
| Varijanta 3 | 1, 2, 3, 4, 5, 6 | 1.955 | Nedostaje zamjenski egzon, što rezultira pomakom okvira u kodirajućoj regiji 3' |
C8orf58 ima relativno kratko područje 5’ i umjereno područje 3’. I 5 ’i 3’ regije sadrže matične petlje.[10] Postoji jedno predviđeno mjesto vezivanja miRNK, koje se nalazi u 3’ UTR-u C8orf58.[11]
Protein
[uredi | uredi izvor]Izoforma proteina 1C8orf58 ima 365 aminokiselina. Izoforma 2 i izoforma 3 imaju 357, odnosno 300 aminokiselina. Postoji kozak konsenzusna sekvenca, što potvrđuje da se radi o sekvenci koja kodira protein.[12]
Izoforma 1 ima molekulsku masu 39,7 kDa i izoelektričnu tačku 8,29. Bogat je prolinom i argininom, a siromašna izoleucinom, asparaginom, fenilalaninom i tirozinom.[13]
Predviđena sekundarna struktura proteina C8orf58 uključuje više alfa-heliksa i jedan beta-list.[13][14]
| Izoforma | Od varijante iRNK | Dužina (aminokiseline) | Molekulska težina (kDa) | Izoelektrična tačka |
|---|---|---|---|---|
| 1 | 1 | 365 | 39,7 | 8,30 |
| 2 | 2 | 357 | 38,6 | 8,30 |
| 3 | 3 | 300 | 32,0 | 5,82 |
Evolucijska historija
[uredi | uredi izvor]Dio je porodice DUF4657, porodice proteina pronađenih u eukariota. Proteini u ovoj porodici obično imaju između 305 i 370 aminokiselina.[15] Domen nepoznate funkcije (DUF) C8orf58 nalazi se između aminokiselina 73 i 364.
Ekspresija
[uredi | uredi izvor]Prema NCBI GEO profilima, C8orf58 je usko eksprimirani protein koji se nalazi u slezeni, plućima, timusu, prostati i tkivu kičmene moždine. Konstitutivno se ispoljava u tim tkivima.[16]
Posttranslacijska modifikacija
[uredi | uredi izvor]Bioinformatički alati na Expasyju korišteni su za određivanje potencijalnih mjesta posttranslacijske modifikacije proteina C8orf58. Postoje dva predviđena mjesta fosforilacije i jedno predviđeno mjesto sumoilacije.[17]
Subćelijska lokalizacija
[uredi | uredi izvor]Prema PSORT II, C8orf58 se nalazi u jedru. Ovo je potkrijepljeno prisustvom mjesta sumoilacije, koje je uključeno u nukleinski citoplazmatski transport.
Interaktivni proteini
[uredi | uredi izvor]Utvrđeno je da dva proteina stupaju u interakciju s proteinima C8orf58, CENPH i metG1, koji su pronađeni korištenjem dvohibridnom istraživanju i dva pridružena hibridna pristupa.[18] CENPH (centromerni protein H) ima ključnu ulogu u strukturi centromera, formiranju kinetohora i razdvajanju sestrinskih hromatida.[19] MetG1 (metionin – tRNK ligaza) potreban je za produženje sinteze proteina i iniciranje cijele translacije iRNK putem inicijacijske tRNK (fMet) aminoacilacije.[20]
Homologija
[uredi | uredi izvor]Važan paralog ovog gena je ENSG00000248235.[21] Ortolozi ljudskog gena C8orf58 ograničeni su na kičmenjake.
| Rod i vrsta | Uubičajeno ime | Pristupni broj za NCBI | Dužina (broj aminokiselina) | Datiranje divergencije od ljudi (milioni godina) |
Identitet (%) | Sličnost (%) |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Čovjek | NP_001013864.1 | 365 | - | - | - |
| Gorilla gorilla | Gorila | XP_004046807.1 | 439 | 9,06 | 96 | 79.50 |
| Marmota marmota | Alpski mrmot | XP_015354979.1 | 369 | 90 | 68 | 75,7 |
| Oryctolagus cuniculus | Evropski kunić | XP_008248092.1 | 371 | 90 | 66 | 72 |
| Nannospalax galili | Spalaks | XP_008848689.1 | 362 | 90 | 65 | 74,7 |
| Ceratotherium simum simum | Bijeli nosorog | XP_014652157.1 | 381 | 96 | 66 | 72,7 |
| Odobenus rosmarus divergens | Pacifički morž | XP_012418498.1 | 388 | 96 | 65 | 74,7 |
| Sus scrofa | Divlja svinja | XP_005670472.1 | 382 | 96 | 65 | 73,3 |
| Hipposideros armiger | Veliki okruglokrili šišmiš | XP_019487131.1 | 387 | 96 | 62 | 71 |
| Eptesicus fuscus | Veliki smeđi šišmiš | XP_008149784.1 | 377 | 96 | 62 | 70,1 |
| Loxodonta africana | Afrički grmasti slon | XP_003412428.1 | 372 | 105 | 71 | 77,2 |
| Orycteropus afer afer | Južnoafrički mravojed | XP_007949039.1 | 370 | 105 | 65 | 71,7 |
| Parus major | Velika sjenica | XP_015504136.1 | 320 | 312 | 32 | 35,6 |
| Anolis carolinensis | Karolinska anola | XP_008118367.1 | 453 | 312 | 28 | 38,9 |
Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000241852 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000044551 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Entrez Gene: Chromosome 8 open reading frame 58". Pristupljeno 22. 11. 2017.
- ^ "UniProt, Q8NAV2". Pristupljeno 14. 9. 2021.
- ^ NCBI Nucleotide. Homo sapiens chromosome 8 open reading frame 58 (C8orf58), transcript variant 1, mRNA. [1]
- ^ GeneCard. C8orf58 Gene(Protein Coding) Chromosome 8 Open Reading Frame 58. [2]
- ^ NCBI Gene. C8orf58 chromosome 8 open reading frame 58 [Homo sapiens (human)]. [3]
- ^ RNA Folding Form
- ^ TargetScan Human
- ^ NCBI Protein. Uncharacterized protein C8orf58 isoform 1 [Homo sapiens].[4]
- ^ a b SDSC Biology Workbench
- ^ Chou-Fasman Secondary Structure Prediction Server
- ^ UniProtKB - Q8NAV2 (CH058_HUMAN). UniProt
- ^ NCBI GEO Profiles
- ^ Expasy Bioinformatics Resource Portal
- ^ IntAct Molecular Interaction Database
- ^ Centromere protein H
- ^ Methionine--tRNA ligase
- ^ GeneCard. 8orf58 Gene(Protein Coding) Chromosome 8 Open Reading Frame 58. [5].
