MetaCyc

MetaCyc é unha base de datos que contén extensa información sobre vías metabólicas e encimas de moitos organismos. Os datos de MetaCyc cobren todos os dominios da vida e foron curados a partir de máis de 41.000 publicacións^[1]^[2]^[3]

Entre as aplicacións de MetaCyc están o uso como conxuntos de datos de referencia para a predición por computador de vías metabólicas de organismos a partir dos seus xenomas secuenciados; foi utilizada tamén para realizar predicións de vías metabólicas para miles e organismos, incluíndo os que están na BioCyc Database Collection. MetaCyc tamén se usa na enxeñaría metabólica e en investigación metabolómica.

MetaCyc contén amplos datos sobre encimas individuais, para os que se describe a súa estrurura de subunidades, cofactores, activatores e inhibidores, especificidade de substrato, e, nalgúns casos, constantes cinéticas. Os datos de MetaCyc sobre reaccións inclúen mapados de átomos preditos que describen a correspondencia entre átomos nos compostos reactivos e os produtos. Tamén proporciona mini-revisións de encimas e referencias da literatura científica. Os datos de MetaCyc sobre metabolitos inclúen datos de estruturas, enerxía libre de Gibbs de formación predita, e ligazóns a bases de datos externas.

Notas

↑ Caspi R, Altman T, Billington R, Dreher K, Foerster H, Fulcher CA, Holland TA, Keseler IM, Kothari A, Kubo A, Krummenacker M, Latendresse M, Mueller LA, Ong Q, Paley S, Subhraveti P, Weaver DS, Weerasinghe D, Zhang P, Karp PD (January 2014). "The MetaCyc database of metabolic pathways and enzymes and the BioCyc collection of Pathway/Genome Databases". Nucleic Acids Res. 42 (Database issue): D473–9. PMC 2808959. PMID 19850718. doi:10.1093/nar/gkp875.
↑ "MetaCyc Publications".
↑ Karp PD, Caspi R (September 2011). "A survey of metabolic databases emphasizing the MetaCyc family". Arch. Toxicol. 85 (9): 1015–33. PMC 3352032. PMID 21523460. doi:10.1007/s00204-011-0705-2.

[pmid24225315-1] Caspi R, Altman T, Billington R, Dreher K, Foerster H, Fulcher CA, Holland TA, Keseler IM, Kothari A, Kubo A, Krummenacker M, Latendresse M, Mueller LA, Ong Q, Paley S, Subhraveti P, Weaver DS, Weerasinghe D, Zhang P, Karp PD (January 2014). "The MetaCyc database of metabolic pathways and enzymes and the BioCyc collection of Pathway/Genome Databases". Nucleic Acids Res. 42 (Database issue): D473–9. PMC 2808959. PMID 19850718. doi:10.1093/nar/gkp875.

[metacyc.org-2] "MetaCyc Publications".

[pmid21523460-3] Karp PD, Caspi R (September 2011). "A survey of metabolic databases emphasizing the MetaCyc family". Arch. Toxicol. 85 (9): 1015–33. PMC 3352032. PMID 21523460. doi:10.1007/s00204-011-0705-2.

[1]

[2]

[3]