La Coppa Intertoto 1969 è stata la terza edizione di questa competizione (la nona, contando anche quelle della Coppa Rappan) gestita dalla SFP, la società di scommesse svizzera.[1]
Non era prevista la fase finale fra le vincitrici della fase a gironi della fase estiva. Le squadre che si imponevano nei singoli raggruppamenti venivano considerate tutte vincenti a pari merito e ricevevano, oltre ad un piccolo trofeo, un cospicuo premio in denaro.
La fase a gironi del torneo era composta da nove gruppi di quattro squadre ciascuno, le squadre che si imponevano nei singoli raggruppamenti venivano considerate tutte vincenti a pari merito.
Date: 28 giugno (1ª giornata), 5 luglio (2ª giornata), 12 luglio (3ª giornata), 19 luglio (4ª giornata), 26 luglio (5ª giornata) e 2 agosto 1969 (6ª giornata).[2]