真菌症(英: mycosis)とは、外部の真菌あるいは常在する真菌類がヒトや脊椎動物の組織内に侵入し、異常に増殖して発症する疾患である。代表的な真菌症として白癬菌による白癬(水虫、たむし、およびしらくも)やカンジダによるカンジダ症、クリプトコックスによるクリプトコックス症、によるアスペルギルス症などが知られている。