生化学および分子生物学において、結合部位（けつごうぶい、英: Binding site）は、他の分子とに結合するタンパク質などの高分子上の領域である。高分子の結合相手は、しばしばリガンドと呼ばれる。リガンドは、他のタンパク質（タンパク質-タンパク質相互作用をもたらす）、酵素基質、セカンドメッセンジャー、ホルモン、またはアロステリック調節因子を含むことができる。結合事象は、常にではないが、タンパク質の機能を変化させるコンホメーション変化を伴うことがよくある。タンパク質の結合部位への結合は、ほとんどの場合は可逆的（一過性および非共有結合）であるが、な可逆的または不可逆的でありうる。
