自家蛍光（じかけいこう、英: autofluorescence）は、ミトコンドリアやリソソームといった生物学的構造が光を吸収した際に起こる光の自然放出（フォトルミネセンス）であり、人工的に加えられた蛍光マーカー（）由来の光を区別するために用いられる。
