航空総隊司令官（こうくうそうたいしれいかん、Commander in Chief of the Air Defence Command）とは、航空自衛隊航空総隊の指揮官で、防衛大臣の指揮監督を受け、航空方面隊及びその他防衛大臣の定める部隊の隊務を統括する。空将の階級にある自衛官が充てられ、陸上自衛隊の陸上総隊司令官と各方面総監、海上自衛隊の自衛艦隊司令官と横須賀地方総監と佐世保地方総監と共に政令で規定される指定職5号の役職で、航空自衛隊では航空幕僚長に次ぐ事実上第2位の地位にある役職である。ただし部隊運用に関する防衛大臣の指揮命令は、フォースプロバイダー（練度管理責任者）の航空幕僚長ではなくフォースユーザー（事態対処責任者）の統合幕僚長を通じて受けて隷下部隊を運用する。 1961年（昭和36年）6月12日、自衛隊法の一部改正（昭和36年法律第126号）により、航空総隊司令から航空総隊司令官に改称された。 2011年（平成23年）3月11日に発生した東日本大震災においては災統合任務部隊（JTF-TH）指揮官・君塚栄治陸将の指揮下、航空自衛隊災害派遣部隊を統括した。また、ミサイル防衛では、航空総隊司令官が海上自衛隊のイージス艦をも含めたBMD統合任務部隊の指揮官を兼務する。
