2006年中国足球乙级联赛是中國足協改革联赛后舉行的第三屆中国足球乙级联赛，聯賽於2006年5月6日展開，预赛10月7日于結束，決赛階段由10月25日至11月2日于重庆举行，最后由大学生組成的北京理工夺得联赛冠军。
| 排名
|
球隊
|
賽
|
勝
|
平
|
負
|
得
|
失
|
差
|
分
|
資格
|
| 1 |
安徽九方 |
16 |
12 |
1 |
3 |
24 |
11 |
+13 |
37 |
進入決赛階段
|
| 2 |
云南丽江 |
16 |
11 |
4 |
1 |
30 |
14 |
+16 |
34 |
進入決赛階段
|
| 3 |
武汉雅琪 |
16 |
8 |
4 |
4 |
23 |
16 |
+7 |
28 |
進入決赛階段
|
| 4 |
寧波華奧 |
16 |
8 |
3 |
5 |
25 |
17 |
+8 |
27 |
進入決赛階段
|
| 5 |
四川 |
16 |
7 |
5 |
4 |
20 |
19 |
+1 |
26 |
|
| 6 |
广西天基 |
16 |
5 |
3 |
8 |
20 |
27 |
-7 |
18 |
|
| 7 |
上海东亚 |
16 |
3 |
5 |
8 |
26 |
29 |
-3 |
14 |
|
| 8 |
蘇州趣普仕 |
16 |
4 |
1 |
11 |
16 |
32 |
-16 |
13 |
|
| 9 |
宁波中豹 |
16 |
0 |
5 |
11 |
4 |
23 |
-19 |
5 |
|
| 排名
|
球隊
|
賽
|
勝
|
平
|
負
|
得
|
失
|
差
|
分
|
資格
|
对赛成绩
|
| 1 |
北京理工 |
16 |
10 |
5 |
1 |
32 |
9 |
+23 |
35 |
進入決赛階段
|
| 2 |
哈尔滨毅腾 |
16 |
9 |
5 |
2 |
23 |
10 |
+13 |
32 |
進入決赛階段
|
| 3 |
天津火車頭 |
16 |
7 |
6 |
3 |
25 |
14 |
+11 |
27 |
進入決赛階段
|
| 4 |
青岛海鲨 |
16 |
6 |
6 |
4 |
13 |
13 |
0 |
24 |
進入決赛階段
|
| 5 |
北京巴士 |
16 |
5 |
7 |
4 |
19 |
13 |
+6 |
22 |
|
北京：3分；3-3
新疆：3分：3-3
|
| 6 |
新疆體彩 |
16 |
6 |
4 |
6 |
17 |
16 |
+1 |
22 |
|
| 7 |
天津東麗 |
16 |
3 |
5 |
8 |
9 |
18 |
-9 |
14 |
|
| 8 |
青岛黎明 |
16 |
3 |
2 |
11 |
11 |
35 |
-14 |
11 |
|
| 9 |
辽宁中巴 |
16 |
3 |
0 |
13 |
12 |
33 |
-21 |
9 |
|
註：每區球隊對同區球隊2次，無需對第二區的球隊。南區及北區的前四名球隊晉級季后赛（四分之一决赛）。
| 俱樂部
|
首回合
|
次回合
|
點球
|
总比分
|
俱樂部
|
| 北京理工
|
1 - 1
|
2 - 2
|
6 - 5
|
9 - 8
|
天津火车头
|
| 哈尔滨毅腾
|
1 - 1
|
0 - 0
|
3 - 1
|
4 - 2
|
安徽九方
|
| 俱樂部
|
90分鐘賽
|
加時賽
|
點球
|
总比分
|
俱樂部
|
| 安徽九方
|
3 - 3
|
0 - 0
|
6 - 5
|
9 - 8
|
天津火车头
|
| 俱樂部
|
90分鐘賽
|
加時賽
|
點球
|
总比分
|
俱樂部
|
| 北京理工
|
3 - 0
|
|
|
3 - 0
|
哈尔滨毅腾
|
